Se ci sono due o piu` campi con lo stesso nome, formano una collezione, che si legge da JS tramite un vettore:

il primo:
if (document.modulo.elements['brands[]'][0].value == "") {

il secondo:
if (document.modulo.elements['brands[]'][1].value == "") {

...

Naturalmente puoi fare un loop; il valore dentro la quadra e` un numero:
codice:
var bb = document.modulo.elements['brands[]'];
for(var i=0; i<bb.length; i++) {
  if(bb[i].value == "") {
    ...