Devi mettere un if ulteriore:
codice:
function Control(){
  var brands = document.modulo.elements['brands[]'];
  if(brands.length) {
    for(var i=0; i<brands.length; i++) {
      if (brands[i].value==""){
        alert("Devi specificare la marca del prodotto.");
        brands[i].focus();
        return false;
      }
    }
  } else {
    if (brands.value==""){
      alert("Devi specificare la marca del prodotto.");
      brands.focus();
      return false;
    }
  }
}