allora ho capito bene.

se i 2 pc sono in rete e si possono vedere tra di loro, usa scp.

man scp


devi fare una copia ricorsiva, quindi , dal server nuovo fai:

scp -r utente@servervecchio:/home/ /home_nuova

poi dentro /home_nuova ti trovi tutto il contenuto copiato da quello vecchio, e te le sposti tu.
Non ho scritto di copiarle direttamente sopra perchè magari se hai 2 utenti con lo stesso nome sulle 2 macchine ti fotti una home