Vi "semplifico" un po' il lavoro (...)
Ho trovato questo script che elimina la string "$key", se questa è contenuta nel file. Come già spiegato io vorrei invece che sostituisse quella stringa con un'altra

Codice PHP:
$key "prova";

//load file into $fc array
$fc=file("file.txt");

//open same file and use "w" to clear file
$f=fopen("file.txt","w");

//loop through array using foreach
foreach($fc as $line)
{
     if (!
strstr($line,$key)) //look for $key in each line
           
fputs($f,$line); //place $line back in file
}

fclose($f);