non e' corretto avere + di un elemento con stesso id (altrimenti che id sarebbe?)
quindi
- dove hai id="nav" sostituisci con class="nav"
- aggiusta di conseguenza il css:
dove hai #nav deve diventare .nav
- usa questa funzione che cicla x tutti gli ul della pagina, dove il className e' "nav" applica quello che gia' avevi scritto
codice:
startList = function() {
  if (document.all && document.getElementById && document.getElementsByTagName) {
    var uls=document.getElementsByTagName('ul');
    for(var k=0;k<uls.length;k++){
      if(uls[k].className=='nav'){
        navRoot=uls[k];
        for(var i=0;i<navRoot.childNodes.length;i++){
          node=navRoot.childNodes[i];
          if(node.nodeName=="LI") {
            node.onmouseover=function() {
              this.className+=" over";
            }
            node.onmouseout=function() {
              this.className=this.className.replace(" over", "");
            }
          }
        }
      }
    }
  }
}
window.onload=startList;
ciao