Da quello che hai scritto risulta che il filmato "principale", quello che richiama tutti gli altri, e che risiede nel livello 0 (zero) è quello che tu chiami "index".

Caricando un altro filmato sul livello 0 (zero) perdi il principale e probabilmente (non so come hai sviluppato l'intera struttura del sito) perdi i riferimenti agli altri livelli...

Concettualmente è sbagliata l'impostazione che hai dato al sito:
il filmato che risiede sul livello zero, che non dovrebbe essere mai toccato, dovrebbe essere un semplice schedulatore che richiama, in base alle scelte del navigatore, ora una sezione, ora un'altra.

Una buona struttura dovrebbe avere, caso mai, il solo menu sul livello zero, ed il resto su qualsiasi altro livello.