nella pagina html va inserito il javascript che ho segnato in rosso e il div con il tuo flash

codice:
<html>
<head>
<title>FLASH BANNER</title>

<script language="JavaScript">
function appari()
{ if (document.all)
  { POP.style.visibility = "visible" }
  else
  { document.POP.visibility = "visible" }
}
function scompari()
{ if (document.all)
  { POP.style.visibility = "hidden" }
  else
  { document.POP.visibility = "hidden" }
}
function ritardo(secondi)
{ window.setTimeout("appari()", secondi * 1000) }
/ -->
</script> 
</head>

<body bgcolor="#8888FF" onLoad="ritardo(5)">

<div style="position:absolute;left:10;top:10;z-index:1;visibility:hidden" id="POP">
  <object>
//qui il tuo flash in pratica
  </object>
</div> 
//tuo contenuto della pagina
</body>
</html>
nel flash alla fine del tuo swf quando vuoi che scompaia

codice:
getURL("javascript:scompari()");
puoi associare l'azione anche ad un pulsante