MySQL Administrator e' il meglio che puoi trovare in fatto di backup / restore.... e per conto mio il meglio anche in tutta la gestione di mysql.

un backup di un database con 6 tabelle miste tra innodb e myisam di 92.1 MB impiega circa 50 secondi per il backup e poco piu' di un minuto per il restore.

Il problema credo sia nel trasferire il file ... nell'upload e non nel suo restore.