tra i frame di cui fai un refresh c'è anche quello da cui richiami il codice?

In questo caso il suo refresh deve essere l'ultimo di quelli elencati nella funzione, altrimenti le istruzioni successive potrebbero essere ignorate perche la pagina non sarà più in memoria.

In realtà i browser dovrebbero avere una cache per gli script in modo da prevenire questi errori, ma non sempre è efficace.