mettilo cosi:

codice:
function Controlla() { 
  // Variabili associate ai campi del modulo 
  var matricola = document.form1.matr.value; 
  var cognome = document.form1.cognome.value; 
  var nome = document.form1.nome.value;


  if (!(nome.match(/[A-Za-z]+/))) {
     alert("il nome non è corretto");
     document.form1.nome.focus();
     return;
  }


  if (!(cognome.match(/[A-Za-z]+/))) {
     // ... codice analogo al precedente
     return;
  }

  if (isNaN(matricola)) {
     // ... codice analogo al precedente
     return;
  }

  if (confirm("sicuro di assegnare?")) {
     document.form1.submit();
  }
}
cmq come ti ho detto prima, se sai quante cifre ha il numero di matricola si puà fare un controllo migliore.