nel <head> del tuo index.html metti
codice:
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
<!--
function MM_openBrWindow(theURL,winName,features) { //v2.0
  window.open(theURL,winName,features);
}
//-->
</script>
nel body metti
codice:
<body onLoad="MM_openBrWindow('/index2.php','nonso','width=300,height=200')">
nell'index2 metti il tuo file flash

L'index2 deve avere questo CSS nel tag head

codice:
<style type="text/css">
body {
	margin-left: 0px;
	margin-top: 0px;
}
</style>