Hai fatto una domanda teorica (cioe` senza alcun riferimento pratico), e ti ho risposto con una "risposta standard", rimandandoti ai "sacri testi".

Dal punto di vista del client, quello che fai sul server non si vede.
Quindi il tuo "template" non viene visto, se non tramite le pagine da esso generate.

In generale con il programma lato server, devi assemblare una serie di oggetti che dovranno stare dentro altri oggetti, o vicino o sotto ad altri oggetti.
Poi il CSS si occupa della formattazione.

Quindi quello che in HTML 2 o 3 era un template, deve diventare in XHTML4 o XHTML un insieme di nomi di oggetti (piu` o meno obbligatori) e un CSS (che puo` essere unico per tutto il sito o essere suddiviso in CSS specifici).

La cosa migliore sarebbe rivedere tuttoil progetto dall'inizio, ma questo evidentemente porta via un mucchio di tempo ed e` difficile da realizzare, specie per uno che ha gia` fatto un "template" (occorre rivedere completamente il modo di procedere).

Forse la procedura piu` semplice e`:
Prendere una pagina (gia` generata), trasformarla secondo le regole della programmazione attuale, estrarne le parti comuni e il CSS: questo diventa il nuovo "template", da generare poi tramite il PHP.