a queste condizioni puoi usare il GROUP BY:
codice:
SELECT (SUM(cartellini) + SUM(bonus) - SUM(malus) + SUM(assist) + SUM(goals)) AS totale FROM 
punteggio  where id='$row[giocatore1]' or id='$row[giocatore2]' or id='$row[giocatore3]'
GROUP BY id ORDER by totale DESC";