non vorrei sbagliare ma...i tuoi swf vengono caricati in un mc vuoto? perchè con loadMovie dovresti inserire il target e quindi:
codice:
stop(); 

if(sezione==movies){ 
loadMovie('movies.swf',_root.mcContenitore); 
} 

if(sezione==works3d){ 
loadMovie('works3D.swf',_root.mcContenitore); 
}