Si dice che comunque il C++ ha ancora dei noti problemi di compatibilità sul Linux, ad ogni modo non è per niente vero quello che dici: anche su Linux puoi costruirti una interfaccia grafica con le WxWidgets.
Per i programmi a riga di comando è consigliato il C, senza dubbio (In C++, gli argomenti del main è codice di C ereditato)