Che tutti sti casini siano venuti fuori dalle ultime versioni di MySQL (4.1 e 5) è fuori discussione.
Prima di postare questo messaggio, avevo letto diversi post sulla difficoltà di comparare campi di testo tra vecchie e nuove tabelle, tra charset definiti e charset attributi automaticamente con l'importazione di dati vecchio stile (senza codifica) in nuove versioni.
Nel tuo caso, non ti so dire se è meglio uno o l'altro UTF-8, anche perchè finora ho sempre utilizzato lo swedish (per i caratteri accentati, che ovviamente non ci sono nell'UTF-8).
Credo però (anche se devo ancora studiarmi la novità in dettaglio) che la scelta non sia obbligata a priori, nel senso che comunque, quando si effettua una query select, si può stabilire di volta in volta la modalità di confronto tra campi testo specificando la collation.