Tempo fa mi è capitata una cosa analoga.

Alla fine l'unica spiegazione (che_non_sta_in_piedi) che ho trovato è che i DNS andavano peggio su linux che su win. Infatti molto tempo si perdeva nel risolvere i DNS. Poi misteriosamente tutto è tornato a posto.

Prova magari anche a vedere se i test di velocità danno lo stesso risultato sui due SO.

Ciao!