Ah ah, ci avevo pensato anche io tempo fa ma non ho mai avuto occasione di metterlo in pratica. Ci vorrebbe un linguaggio lato server, il quale ti permette di creare una condizione per stampare il link al CSS in base all'ora.

Io lo farei in PHP e con un algoritmo semplice come questo:
codice:
// Se l'ora è compresa tra mezzanotte e mezzogiorno
   // Stampa il link al foglio di stile mattutino
// Altrimenti
   // Stampa il link al foglio di stile pomeridiano
Ovviamente dovrai crearti i due fogli di stile appositi. Prova a chiedere giù nel forum di PHP.