Sei tu a dover decidere in base a ciò che vuoi ottenere: usare un DataSet ti consente senz'altro di poter mantenere in memoria un set di dati consultabili più rapidi rispetto ad un'impegnativa interrogazione al DB, soprattutto quando il cambio di selezione dal TreeView è rapido.

Tuttavia, non avrai la certezza di avere dati aggiornati se si tratta di un database basato su un server SQL; per ottenere i valori aggiornati per i record, devi forzatamente scaricare tali record con il DataAdapter oppure adottare in pianta stabile un DataReader.

In base a queste differenze, sei tu a dover stabilire la modalità preferita, oppure potresti valutarne una mista: navigazione con il TreeView su un DataSet che può essere aggiornato a comando dall'utente.

Ciao!