I problemi per la presenza di alcuni elementi in flash e dei frame sono facilmente superabili.
Le varie pagine le hai ritoccate da solo o l'agenzia te le ha rilasciate così?

Intanto...

1) La prima cosa che dovresti fare è mettere all'interno del body della index (non risulterà nulla visivamente) un po' di testo e i collegamenti alle pagine interne. Queste verranno presto indicizzate.
2) Cerca di cambiare i titoli alle varie pagine interne attinenti con l'argomento trattato.
3) Dove operate? In tutta italia (ahiahiahi), in Lombardia o prevalentemente a Milano? In quest'ultimo caso, ottimo, ottimizza tutto per Milano (Organizzazione eventi sportivi a Milano ...).

Un'altra cosa è fare in modo che le pagine interne che verranno rintracciate dai motori possano ricostruire il set di frame complessivo. Basta uno script o essendo le pagine in php un richiamo dell'iframe dal titolo.

Per le cosine iniziali puoi fare da solo.

Per il resto rivolgiti alla stessa agenzia che ti ha sviluppato il sito e stai attento a presunti "professionisti" che ti riempiono la pagina di spam inutile e spesso alla lunga deleterio.

Il tuo sito è studiato in ogni particolare, l'immagine, i colori, i filmati sono un ottimo esempio di come vadano sviluppati graficamente i siti. Chi arriva sul tuo sito di sicuro vi contatta perchè ben fatto.
Non capisco però perchè si debba consegnare un ottimo prodotto, una bellissima macchina, "senza ruote". Chiama l'agenzia e pretendi almeno le cose fondamentali per una corretta e completa indicizzazione delle pagine. Cosa che sicuramente ti sapranno fornire.

In bocca al lupo.