Nel mio caso ho 4 icone memorizzate nella imageList1.

codice:
private void timer1_Tick(object sender, EventArgs e)
{
	icona = (icona<4) ? icona+1 : 1;
	Image img = imageList1.Images[icona];
	notifyIcon1.Icon = Icon.FromHandle(((Bitmap)(img)).GetHicon());
}