ho trovato,
document.cookie="popup=si;";

basta non settare nessuna data.

Adesso il problema è un'altro.
Devo sontrollare l'apertura di un pop, ma il pop è su domini diversi quindi ho pensato di settare il nome del dominio a mano in questo modo

document.cookie="popup=si; domain=www.miodominio.net";

Ma non mi funziona. Avete idea del perchè?