Prova cosi.
La prima riga ti trova solo se hai qualcosa in data
La seconda ti trova se hai qualcosa in data e user
Devi poi crearti le altre 5 possibilità.

In totale dovrebbero essere:

0 0 0
1 0 0
1 1 0
1 1 1
0 1 1
0 0 1
1 0 1

Codice PHP:
if (($jos.equipaggi.data != "") && ($jos.equipaggi.user == "") && ($jos.equipaggi.ruolo == ""))
$query "SELECT * FROM jos.equipaggi  WHERE jos.equipaggi.data = '$jos.equipaggi.data' ORDER BY jos.equipaggi.id";

if ((
$jos.equipaggi.data != "") && ($jos.equipaggi.user != "") && ($jos.equipaggi.ruolo == ""))
$query "SELECT * FROM fax  WHERE jos.equipaggi.data = '$jos.equipaggi.data' AND jos.equipaggi.user ='$jos.equipaggi.user' ORDER BY jos.equipaggi.id"
Fammi sapere.