Ciao,

12000 prodotti non dovrebbero essere molti se li carichi con il metodo giusto, immagino tu legga la stringa, la spezzetti e poi faccia diversi INSERT.

Se possibile invece dovresti usare un'unica query con
LOAD DATA INFILE

http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/en/load-data.html

caricare tutto in un'apposita tabella e poi effettuare gli inserimenti/aggiornamenti attraverso query SQL, distribuendo i dati tra le varie tabelle.

questo è il sistema più efficiente

Se comunque ci dovesse essere un tempo di attesa piuttosto lungo e la finestra del browser bianca diventasse noiosa, puoi sempre mettere l'operazione in background.

Tra un po' aggiornerò il thread per spiegare come