Quando estrai i dati dal db saprai se la checkbox relativa è checkata o meno. Soluzione molto semplice.

Scorri l'array, con un if controlli se è checkato e se lo è scrivi il comando html appropriato.
Codice PHP:
ESEMPIO

while ( $row mysql_fetch_array$result )
     {
       echo 
'<input name="checkbox1" type="checkbox" id="checkbox1" value="' $row['value'] . '"';
       if ( 
controlla se è checkata)
         {
           echo 
'checked';
         }
       echo 
'>' ;
     }