Sì, in effetti c'è incompatibilità tra il formato di Outlook 2003 e 2000.
Il metodo che puoi adottare è quello di fare un "travaso" di informazioni dal tuo PST formato 2003 ad un PST vecchio formato: dal menu "File -> "Gestione file di dati" -> "Aggiungi" -> scegliendo il vecchio formato.

Presta attenzione alle dimensioni del contenuto perchè il vecchio formato non supporta dimensioni maggiori di 2GB.