certo che li leggono: loro (come anche gli utenti) non si accorgono della differenza tra un titolo servito in modo statico:
codice:
<title>Il mio titolo</title>
e uno servito in modo dinamico:
Codice PHP:
<?php
$titolo = "Il mio titolo" ; // o titolo pescato dal db
echo "<title>" . $titolo . "</title>" ;  //che in questo caso rende: <title>Il mio titolo</title>
?>
E' un metodo che ti consiglio, avere titoli diversificati nelle pagine del sito e attinenti agli argomenti aiuta moltissimo!!!

P.S. non ho capito questa parte:
Ho fatto una prova mettendo i meta tags nei files html esterni, ma così ovviamente mi vengono indicizzate solo queste pagine escludendo il resto del sito (intestazione e menu).