Ciao e bienvenido nel forum!
Un esempio di quello che vuoi fare tu lo trovi qui:
http://www.meyerweb.com/

Eric ha appunto assegnato all'header un foglio di stile distinto. Non c'è nessun problema. Tuttavia, per comodità, ti consiglio di usare in un solo foglio le dichiarazioni per la tipografia ed i colori, più i div principali, ed in un altro quello per div particolari. ciao