sinceramente non so come funziona su win, ad esempio su linux devi valutare anche se hai i permessi di eseguire scripts con l'utente di apache...

poi io proverei anche cosi:

system("C:\\PHP\php.exe C:\percorso\al\file.php");

inoltre leggendo nelle note..
Se devi eseguire un comando ottenendo tutti i dati restituiti dal comando direttamente senza alcuna interferenza, usa la funzione passthru().