Ciao vicky,
ho avuto anch'io diversi problemi del tuo tipo e li ho superati con un sistema analogo a quello suggerito da pierabo (altrimenti NON c'è soluzione per un numero così elevato di files); una variante sarebbe quella di inserire uno o due files a seconda del N° di cartelle che devi creare, poi nella posizione installazione in corrispondenza dei predetti files fai: $(AppPath)\Tua cartella; in questo modo trovi già le cartelle create. Certo dovrai impostare un codice che al primo avvio del prog., e per una sola volta, provveda alla copia nelle predette cartelle di tutti i files che avrai incluso in support (in effetti è simile al consiglio di pierabo)