Vedo solo una cosa che non capisco:

Nel primo frameset usi sia l'attributo cols che il rows: non credo che questo sia corretto: credo che puoi usare uno o l'altro.


Per il resto applicare il CSS a tutti gli oggetti frame dovrebbe essere corretto.
Prova a postare il pezzo del CSS che usi (da inserire nella head del file contenente il frameset).