Qui c'è un piccolo esempio: http://www.pierotofy.it/pages/guide/...ouse_con_Java/

Gestire il mouse in windows con i metodi nativi.
Il JNI praticamente si basa sul fatto che Java usa la stessa interfaccia(di programmazione, non grafica) per chiamare funzioni native diverse; quindi resta uguale il comando Java, cambia la libreria che la JVM chiama(o meglio, chiama un porting adatto a quel sistema).