Credo che la cosa si "risolva semplicemente" utilizzando il costrutto switch() a patto, però, che l'utente digiti un numero e non una stringa.
codice:
int lettura;
try {
   BufferedReader br = new BufferedReader( new InputStreamReader(System.in) );
   String valore = br.readLine();
   if ( !valore.equals("") ) {
      lettura = Integer.parseInt( valore );
   } else {
      lettura = 0;
   }
   switch (lettura) {
      case 1:
         faiQuelloCheDeviFare();
         break;
      case 2:
         faiPureQualcosAltro();
         break;
      ...
      case 65536:
         eccoLUltimaScelta();
         break;
   }
} catch (Exception e) { e.printStackTrace(); }
Se tutti gli array che hai sono bidimensionali, puoi crearne uno tridimensionale facendo in modo che il valore della mia variabile lettura venga utilizzata per indicizzare l'array corretto...


Ciao.