Eh sì, purtroppo in alcuni casi la formattazione del codice ha delle ripercussioni nella visualizzazione su IE (e te pareva... ). Prova a dare una letta a questo articolo e ti accorgerai come i problemi possono nascere anche, ad esempio, con le liste:

- www.alistapart.com/articles/multicolumnlists

L'autore, da profano, cerca di dare una spiegazione, che a me - pure io profano - è parsa plausibile.