Ciao,

allora, io utilizzo questo standard.

Tutti i template (.jrxml estensione standard) li metto in una cartella modelli, nella root del sito.

In questo modo posso sempre accedere a quella cartella dalla web application, evitando di generare problemi di permessi (che potrebbe essere l'errore che da a te)

Inoltre il comendo

codice:
httpServletRequest.getSession().getServletContext().getRealPath("/modelli/")
dovrebbe poter ritornare il path fisico della cartella <root_sito>/modelli su qualsiasi host, il che ti assicura la portabilità tra vari hosting, senza essere costretto a modificare le classi.

Potresti, allo stesso modo, utilizzare un file di configurazione, un properties per intenderci, da poter leggere con un java.util.ResourceBundle.