lo z-index non basta,
nelle impostazioni di pubblicazione di flash spunta opaque o trasparent per l' opzione finestra e pubblica nuovamente (oppura modifica il codice html generato inserendo l' opportuno wmode)
da quel momento dipende dall' accoppiata browser/so/flash player,
con fp recente su browser recente dovresti vedere flash sotto ai livelli e non viceversa
ciao