Mah, diciamo che dipende dall'uso che devi fare del video, certo partendo da un video non compresso ad esempio hai sicuramente una qualità molto alta e quindi comprimi solo col flash video encoder, mentre partendo ad esempio da un divx c'è già una compressione, quindi il risultato finale avrebbe una qualità minore. Conta che più che il formato dipende appunto la compressione, ad esempio un .avi può essere non compresso oppure compresso come Divx o come qualche altro codec
Se devi anche farci degli altri editing in mezzo, tipo appunto levare qualche scena, più alta è la qualità del video che ti danno meglio è, perchè a comprimerlo quanto ritieni necessario poi ci puoi pensare tu; partire invece da un filmato già molto compresso rischia di farti arrivare a un risultato qualitativamente scarso.