Sostituisci il terzo scanf con un getch(), e per maggior correttezza inserisci un "return 0;" dopo la printf di "operazione errata", sennò il flusso del programma continua.
Qui ti posto il codice ricorretto:

codice:
#include <stdio.h>
#include<conio.h>
int main()
{
	int x,y,r;
	char operazione;
	printf("Inserisci due numeri interi\n");
	scanf("%d", &x);
	scanf("%d", &y);
	printf ("Quale operazione vuoi fare? (+ o -)\n");
	operazione = getch();
	if (operazione == '+')
		r=x+y;
	else if (operazione == '-')
		r=x-y;
	else
	{
		printf("operazione errata");
		return 0;
	}
	printf("il risultato e': %d\n",r);
}