probabilmente, come a volte succede con Apache, le url sono case sensitive, fai quindi attenzione ai nomi dei file: maiuscole-minuscole.

Nota bene che, in casi come questi, JavaScript viene eseguito lato client, e non ha nulla a che vedere con il tipo di server remoto.

Riguardo il tipo di estensione utilizzabile: probabilmente l'admin del server non ha settato ANCHE estensioni diverse da html (quella di default su apache). Dovrebbe essere sufficiente fargli notare la cosa perché la sistemi.

ciao!