io proverei così

codice:
var str
str = "<html><title>'+titolo[conta]+'</title>" +
      //"<body bgcolor=\"#003366\">" +
      //"<table width=\"100%\"><tr><td align=\"center\">'+lista[conta]+'</TD></TR></TABLE>" + 
      //anzi, se devi solo metterlo al centro, meglio:
      "<body bgcolor=\"#003366\"><center>'+lista[conta]+'</center>"  +
      "</body></html>";

finestra.document.write(str);
in pratica, come ti dicevo, fai una stringa che sia il tuo codice html e poi lo stampi nella popup