Il metodo più semplice, visto che hai svuotato la tabella, è di ricreare la tabella.
Se ti esporti la tabella da mysql fleggando la eliminazione tabella prima di crearla, vedrai nel codice autocreato un'istruzione del tipo:

DROP TABLE IF EXISTS `nometabella`;
CREATE TABLE `nometabella` (
`campo1` int(11) NOT NULL auto_increment,
`campo2` varchar(12) NOT NULL default '',
PRIMARY KEY (`campo1`)
) TYPE=MyISAM;

Fai eseguire la query che ti ricrea la tabella exnovo.
In questo modo il campo dovrebbe partire da zero.