fai così :
ti crei due file.php ... uno lo chiami connessione1.php l'altro lo chiami connessione2.php...
ovviamente in connessione1 scriverai il codice che ti permette di conneterti al primo DB... e in connessione2 viceversa...

all' occorrenza basterà fare include("connnessione1.php");
oppure include("connessione2.php");