Devi fare qualcosa tipo

$riga = substr($riga,0,-1)

su tutte le righe esclusa l'ultima.
O meglio, testare prima se in fondo c'è il newline, e poi toglierlo.
C'è da tener presente che se hai scritto il file di testo in ambito Windows avrai probabilmente due caratteri in fondo ("\n\r") e non uno solo. In questo caso dovrai evidentemente eliminarli entrambi.

Provo a buttar giù un esempio

codice:
foreach ($righe as $k => $riga) {
    while (substr($righe[$k],-1) == "\n" || substr($righe[$k],-1) == "\r") {
        $righe[$k] = substr($righe[$k],0,-1);
    }
}
Scritto in fretta senza test, quindi non garantisco contro fagianate