Credo che come sempre sia una questione di misura.

E' ovvio che se ho un header comune a tutto il sito con il logo cliccabile che linca alla home page, in home avrò un link alla stessa pagina.

Ugualmente, se nel menu laterale ho i link alle varie sezioni del sito, solitamente in ogni sezione avrò un link alla solita pagina.

E dubito fortemente che questo sia penalizzante, visto che anche i principali siti usano queste tecniche, compreso html.it, corriere.it, repubblica.it, etc.