La cosa migliore è scrivere tutto il tag con una document.write
codice:
<script language="javascript">
<!--
var VarAppo = "red";
//-->
</script>

<script language="javascript">
document.write("<body bgcolor='" + VarAppo + "'>")
</script>
Potresti scrivere con la document.write solo il valore della variabile, ma poi il codice risulterebbe un po' disordinato.
codice:
<script language="javascript">
<!--
var VarAppo = "red";
//-->
</script>
<body bgcolor='
<script language="javascript">
document.write(VarAppo)
</script>
'>