che io sappia, non si può tenere l'avviso del messaggio ricevuto nella tray per più del tempo che di default ha il messenger.

modificare il lampeggio della finestra (sulla barra,se ho capito bene) dipende da windows e non dal messenger quindi credo sia impossibile.

prova a vedere se uno dei tanti plug-in esistenti per il messenger oppure applicazioni tipo messenger plus posso dai quello che cerchi.

attendi comunque altre risposte che possono essere sicuramente più utili della mia