se ci sono dei cluster danneggiati ed il sistema li riconosce come tali non dovrebbe esserci il rischio di perdere dei dati immessi nel disco successivamente.

Ovviamente se hai posto soluzione al problema che ne ha causato il danneggiamento, però, non vuol dire che in futuro non possano verificarsi altri problemi o che non subentri un deterioramento del disco dovuto al normale impiego.

se il problema che si è verificato è quello che hai descritto io, al posto tuo continuerei ad usarlo tranquillamente a questo punto.