$query = "SELECT id_documento FROM associazione";
$res = mysql_query($query);
$n_r = mysql_num_rows($res);
while($row=mysql_fetch_row($res))
{
$id_documento = $row[0];

$inList .=$id_documento;
if ($count!=$n_r) $inList .=", ";
$count++;
}
$inList .= ")";

$query = "SELECT id_documento FROM docuemnti WHERE id_documento NOT IN $inList ";
$res = mysql_query($query);

fai due query di ricerca si puo' fare anche con una sola ma non mi ricordo come...