Anche se ti sembrara' una risposta sciocca suggerirei di lasciare cosi', se entro qualche mese ti avra' reso ok, viceversa al posto dei link metti un 301 da vecchio a nuovo.

Per i motori www.sito.it e lnx.sito.it sono 2 cose diverse. Questo per via delle regole che governano il dns. Discussione lunga, evitiamo.

Pertanto a seconda di come e' "visto" www.sito.it dai motori e' diffficile dire se convenga seccarlo o meno. Puo' essere un buon sitema mettere i link alla parte rifatta o mettere un redirect permanente.

Dipende da caso a caso. Non potendo analizzare il tuo caso nello specifico lascia cosi', vedi se ti rende e poi decidi.