metti:
sul primo frame di ogni file swf esterno.codice:this._lockroot = true;
o semplicemnte elimina il "_root." e cerca di sostituirlo con un _parent (se serve)!
La _root che tu scrivi, una volta caricato l'swf, fa riferimento a quella del file principale e non più al secondario. Mettendo "this._lockroot = true" vai a bloccare la _root avendo cosi la possibilità di averne più di una.
Se no, appunto, non metti la riga di codice evitando però di mettere _root negli swf secondari.